阿然与扶苏置气,负气回到相府,李斯一顿责骂,令她马上回去,阿然羞愤之下自杀未果,扶苏闻讯赶来探望,李斯一席倾谈,令扶苏开始改变了对他的看法。黎姜不满始皇穷极民力,离开宫廷回到父亲身边做起了工匠的活计,始皇忿忿而来,责备黎姜自甘下贱,丢了始皇的脸面,黎姜不卑不亢,坚持自己的道理,始皇一腔怒火都发泄在了陶俑身上。
范杞良深夜逃回家中,日夜思念他的孟姜女却认不得已被折磨得不成人形的夫君了。夫妻俩才刚相认,追捕逃役的的兵士已经打门了。范杞良发誓一定熬过徭役回家团圆,孟姜女则答应不管多远,一定要把寒衣送到夫君手上。
始皇将与黎姜儿时游玩的神水潭照样搬到了咸阳,黎姜被始皇的痴情所感动,但仍然坚持不接受任何封号,始皇感叹:只有你是我无法征服的。
右丞相王绾被始皇派往岭南监军,自知一去无返,临走将对始皇的不满表露无遗。嬴成不甘心就此认输,私下联合博士儒生,鼓动公子扶苏,借讲学之名大肆宣传改制。始皇反而更加厚待诸儒,下旨大修学宫。此举赢得扶苏大声叫好,与李斯的配合也更融洽了。
始皇设宴庆寿,鼓动儒生畅所欲言,儒生们不知轻重地批评起始皇的政绩来,这种批评很快又演变成分封与集权之争,始皇始终不动声色地听着。始皇探望病中的黎姜,黎姜对扶苏理政表示担心,始皇却认为扶苏该经经风雨见见世面了。
就在大批儒生涌入咸阳,街谈巷议满城风雨之时,始皇突然隐居不见了。精明的李斯预见到山雨欲来,将自己手下尽数派出去,充当改制的反对派。嬴成联合宗室子弟、儒生方士,议请扶苏实施改制,扶苏委决难下,正要点头时,始皇突然出现在众人面前。
始皇痛斥嬴成狂妄,训诫扶苏幼稚,传旨李斯下诏,封学馆,焚诗书,一场热闹的改制喧嚣戛然而止。扶苏遭始皇软禁,就在此时,阿然毅然与父亲李斯决裂,回到了扶苏身边。
始皇对儿子深感失望,下诏将扶苏发往北地监军,希望严酷的塞外和军旅生活能使扶苏变得强硬起来。长城脚下,扶苏一行救了遭劫的孟姜女,孟姜女却拒绝扶苏的善意帮助,反过来替劫匪求情,大秦徭役的苛重令扶苏赧然不已。
骊山工地,始皇意外地邂逅了早已解甲归田的爱将二更,但他此时已是奄奄待毙的逃役囚徒了。最后一次东巡的路上,始皇听说了孟姜女的故事,始皇派人找到孟姜女,告诉她范杞良已经不在了,要她不要再找了。深夜,孟姜女的哀哭声里,埋葬着包括范杞良在内无数民夫的长城一角在大雷雨中坍塌了。
自知来日无多的始皇星夜赶往蒙恬驻军大营,要向扶苏交待后事。赵高也严令手下,未经他的允许不准任何人接近皇帝。始皇夜召李斯,望他能够辅佐扶苏继续大秦的伟业,李斯也知道始皇已经不行了,但是坚持犯忌讳的话一句不说。
夜半,始皇知大限已到,遗命赵高将军国大权交与扶苏蒙恬,千古一帝就这样在荒郊旷野里无声地去了。隐忍了四十年的赵高终于露出野心家的狰狞,在赵高威逼利诱下,李斯与之合谋篡改了遗诏。
上郡大营内,扶苏手捧“遗诏”质问李斯,大秦的未来在哪里。苍苍大地,茫茫长城,只有已被赐死的扶苏的声音在回荡着……(全剧终)