决定任命苏轼为汝州团练副使。并亲手下了诏任命诏书亲。苏轼在赴任途中,苏辙劝说要韬光养晦,谨言慎行,苏轼却仍不肯随世俯仰。途经江宁,王安石不禁称赞苏轼是真君子,二人尽显惺惺相惜之情。李定又欲以谢表中字句弹劾苏轼,不想却被神宗怒斥制造乌台诗案,欺君主、害贤良。神宗驾崩,哲宗即位,年仅十岁,由太皇太后代理国政。临终前,神宗对母后尽陈对使苏轼大才遭忌的悔恨之情,并嘱托母后将皇儿托付给苏轼、司马光、吕公著等。百姓们纷纷议论司马光是“留相天子”,但司马光担心民意有违朝廷之心,来京城吊唁先帝后便与程颐火速离开。高太皇太后,命司马光速晋京见驾。下旨复苏轼为太守,知登州。王珪病重,临终前先是将自己做官保位的“忍顺躲推”四字经教给儿子们,之后又要孙儿背新学的诗词,孙儿背出的却是“明月几时有,把酒问青天……
苏轼到登州五日便又因升任为起居舍人回到京城。苏辙也从筠州盐监升为右司谏。司马光推荐吕公著为户部尚书,外贬曾布,在废除了《青苗法》后又要废除《免役法》。苏轼从维护国势争等方面历陈理由,劝说司马光不要废除《免役法》,反令司马光认定苏轼是王安石之党,二人不欢而散。政事堂内,章惇据理力争、慷慨陈词,力驳刘挚、王岩叟等,尽言《免役法》不可废之理,司马光无奈只好决定将两种议论同时上奏太皇太后。刘挚等无力反驳章惇,却责问苏轼袖手旁观,苏轼提醒他们讨论国家大事,不能把个人恩怨搅在其中。刘挚等便在背后骂苏轼忘恩负义。章惇向太后弹劾司马光为报私怨,尽废新法,不想却被太后严词斥责。章惇感觉局势不妙,找到苏轼畅谈,并将自己的两个儿子托付给苏轼,请他代尽教化之责,苏轼慨然应允。
西夏又兴战事,大兵直指边关六城。司马光判断西夏只是为了抢率财物,并无侵犯之意。决定放弃六城,断绝与西夏的贸易。苏轼得知此事,大呼不妥,立刻赶往政事堂劝阻司马光,却被司马光固执的拒绝。司马光最终促进太皇太后下旨,弃六城与西夏求和力守边境六城的将士全部弃城撤退后,西夏得寸进尺,屡屡进犯。病中的司马光这时才如梦初醒,趁人苏轼当初所言的正确,听从苏轼的建议,选派良将,训练兵马,守而不战,同时与西夏不断贸易。朝廷命苏轼起草贬放吕惠卿的圣旨,苏轼信手拈来,洋洋洒洒,顷刻书就,这道贬书,立即引起全国轰动,天下学子无不争抄,元祐党人拍手称快,而熙丰党人从此对苏东坡更加恨之入骨。司马光病逝,高太皇太后欲授苏轼中书舍人,苏轼三呈辞状,不愿就职,太后再下诏书。
太皇太后告诉苏轼其遽升乃是神宗生前的安排,还按遗命将钧瓷“寿松屏”赐给苏轼,并说明神宗深意,即把大任乃至大宋日后的江山委托给你,太后还命哲宗拜苏轼为师,一片嘱托,命撤金莲烛,送苏轼归院。苏轼兼侍读,教哲宗读书,小皇帝拿出君君臣臣的问题来请教苏轼。苏轼语重心长地告诉小皇帝齐家最先,圣上先是太后的皇孙然后才是皇帝,况且圣上年幼,需要太后帮助,教育哲宗要以德行为主。辽国的直学士耶律俨点着名要见苏轼,所提问题记刁钻又古怪,群臣都摸不到头闹,但都被苏轼在嬉笑间轻松解决。送别耶律俨时,耶律俨对苏轼无比佩服,实感大宋有人,向苏轼保证定力劝辽主以两国和睦为立国之策。”
苏轼在皇宫宣德门偶遇张璪,张璪唯恐苏轼追究乌台诗案,然而苏轼不计前嫌,并叮嘱他记住“宣德门”三字。王闰之和王朝云为苏轼制作了一顶帽子,苏轼取名为“子瞻帽”。不料被帽店老板大量模仿赶制,仍然供不应求,乃至断货。人们认为有学问的人才可以戴这高帽。苏轼对此付之一笑。西夏国索要岁币的来使已到,吕大防和范纯仁商定由苏轼来应对。面对夏使咄咄逼人的气焰,苏轼泰然自若,以星象警告西夏,批评西夏背信弃义进犯边城,并劝告西夏应以和为贵,以休心养息为上上之选。和则兴,战则亡。王岩叟、刘挚视苏轼为眼中钉肉中刺,并合谋将其逐出朝廷。苏轼深感不能直言朝政,内愧本心,于是谢绝了太皇太后和哲宗的挽留,离开朝廷,自放于杭州。并荐举翰林院学士范祖禹担任帝师。
1089年,苏轼以龙图阁大学士出任杭州太守兼浙西兵马总督。并依据灾情向朝廷索要购粮款。两浙转运使王觌后面有刘挚作阴主,私自克扣了苏轼向朝廷索要的一百万进谷粮款。苏轼令秦观携带奏札快马加鞭急到朝廷催办此事,并用计迫使首相吕大防给王觌写信。然而王觌倚仗主子刘挚之势,拒不拨款。苏轼又让各州府官员去要款,王觌不得以答应拨款。后被罚俸半年。杭州又起瘟疫,苏轼为防疫病蔓延,限制百姓进出。同时为了解决药材问题,办了一个用来收容病人和抓药治病的官办大药房,命名为“安乐坊”,是为世界上第一所公立医院。安乐坊资金有限,无力购买足够药材。苏轼派参寥到仁惠堂劝说堂主曲贵年为民降价售药。曲贵年得知安乐坊收治病人不要钱,把安乐坊视为断自己的财路。因此勃然大怒,命令伙计把参寥轰了出去。