高里正遵照妈祖的指示,故意被海妖捉去修行宫,江小凡被那副对联折腾得走火入魔般,却仍然想不出下联。林妙珠百般安慰,江小凡被妻子的善良与温柔彻底感动,但他似乎感觉到自己有大灾临头,因此,在与妙珠温存后,不得不再次将她打昏。为了铲除妖患,妈祖给晏公下战书,后者不得不硬着头皮出战。妈祖终于大败晏公,而晏公最后抛出那个上联让妈祖对,妈祖对出后,晏公突然头疼欲裂,倒在地上挣扎。原来这晏公就是江小凡,那个上联是睚眦所施的咒语。玄通道长赶到现场寻仇,用宝瓶收了晏公,而妈祖从大爱出发,又将晏公救下。林妙珠从昏迷中醒来,不见丈夫,也感觉不妙,抱着孩子赶到现场,用自己和孩子的亲情打动晏公,使他服服帖帖归顺了妈祖。江小凡改邪归正后带着妙珠去看牢狱中的江施旗,江在清楚了儿子的实情后,带着忏悔之心,死于狱中。
妈祖手下的成员多了起来,江小凡即晏公又向她提供了无名岛行宫乃是睚眦篡位夺权的阴谋,妈祖获得了第一手证据。高里正在无名岛取得了海妖的信任,距离获取更多的证据又近了一步。妈祖派江小凡去岛上与高里正联手,两人经过一番争斗后,冰释前嫌。睚眦到底获得了狴犴出家的准信,策划带手下爪牙彻底消灭之,妈祖周密布置部下保护狴犴。此时,泉州诸地大旱,吴宗伦焦急中决定,开仓放粮,救济灾民。为了从根底解决旱灾,吴亲自来求妈祖帮助求雨,并设下求雨坛为妈祖壮声势。妈祖当面求到雨神跟前,雨神答应次日去灾区降雨,久旱地区的百姓见到了希望。
灾区百姓盼雨之时,不料雨神出尔反尔,并不兑现降雨承诺。妈祖十分气愤,直上天庭与雨神理论。凭着妈祖的智慧,到底逼雨神就范,旱灾区域喜降大雨。为了安置灾民,妈祖吩咐部下把黑甲岛开垦成良田,让部分灾民到岛上定居,妈祖施神术种下蔬菜,从此有了菜子屿。睚眦一伙追踪到出家为僧的狴犴,并施苦肉计让他说出自己的身份后突然变脸,痛下杀手,千钧一发之际,妈祖及时赶到,打跑睚眦救下狴犴。狴犴一心一意跟随妈祖保国护民,他提供道,天庭有留音石,如果借得此宝,定会将睚眦等人的讲话录下。睚眦追杀狴犴不成,又生毒计,索性将修建无名岛的罪恶推到狴犴身上,达到一箭双雕,除龙王夺王权的目的。为保证无名岛工程不被泄露,睚眦又请出他力大无穷的六弟,企图将台湾岛背负远离大陆。
妈祖借回留音石,并交给高里正让他伺机录下睚眦密谋的罪证。皈依后的狴犴回家见杨生全夫妇,畅叙天伦之情。台湾获。妈祖想出办法,用天钉把宝岛拴住,让睚眦无计可施。高里正借送饭的机会,盗取了嘉兴嘉佑的帐本做为建行宫的罪证。海妖们请示睚眦,行宫建成后,民夫如何处理?睚眦命令全部杀掉民夫,嫁祸龙王。这些密谋过程全被高里正暗暗地录下来。王母娘娘寿诞,邀请妈祖赴宴,但事关民夫的生命,妈祖决定放弃赴宴。而黑甲岛匪首浪里飞表面死心塌地效忠海妖,其实暗地里拉拢亲信,时刻想东山再起,继续为匪。妈祖率部下赶到无名岛,与嘉应嘉佑发生争斗,二海妖处境狼狈。
浪里飞带领部下援助二海妖,但敌不住妈祖的法力。狼狈逃跑时,被妈祖仙绳捆住,只好投降。按照妈祖的安排,二海妖可以把渔船上的民工转移到安全地带,然而,浪里飞出来使坏,鼓动海妖易地为匪。二海妖听从了他的怂恿,把高里正灌醉,企图劫持全部民工为匪。睚眦安插的亲信发现航向不对,火速向睚眦禀报。穷凶极恶的睚眦率众倾巢出动,向船只发出光弹,企图杀民夫以灭口。妈祖率部属及时赶到。与睚眦混战时,妈祖见许多民夫落水,便跑回娘家,以大义说服嫂子,把自己家的房屋点燃,取火照明给落水民夫指导航向。
落水民夫获救,林愿却烧掉了自己的房屋。林家的行为感动了邻居们,大家纷纷出力帮助林家重起房屋。敌兵犯境,皇上下诏拜吴宗伦为前敌将军,率军抗敌。出发之际,妈祖带胡三儿子毛毛要求从军。龙王在玉帝面前参奏,告妈祖怠慢王母娘娘寿诞之罪,妈祖具实揭露出睚眦的罪行,使玉帝十分震惊。在诸多人证物证面前,玉帝下旨,下令查处睚眦一伙的罪行,并判处睚眦一伙斩刑。吴宗伦率众与敌决战,将敌兵逼退至顺风岛上,敌兵调来炮火增援,使宋军受挫。吴宗伦战死疆场。妈祖出现,大义凛然,劝退敌兵。我军顺利收复失地。后来,吴宗伦被敕封为抗敌英雄。自此,妈祖的事迹传遍海内外。(妈祖大结局完)