周新把案件实情告诉思琪,那张大网深不可测,思琪劝说周新,周新恢复斗志,他在林中发现素云的尸体,张万和李顺的观点一致。周新准备把墨水镇之案上报朝廷,他怀疑蒋昭是最大的内鬼,真正的主谋另有其人,周新判断鲁玮和蒋昭都没那样的智慧,他打算先捉拿蒋昭。周新深夜被人请走,没想到所见之人是岳父梁大人。
周新说明鲁玮冒功之事,他提出辞官,梁大人一再劝说,他答应帮忙。一辆马车翻入沟中,周新安排李顺和张万去告知官兵,蒋昭闻讯带人赶往。蒋昭看到那些金银财宝后命人拉走,周新带人暗中观察,躲在马车里的阿鱼指认那夜的倭贼首领就是蒋昭,周新走上前质问蒋昭,蒋昭被抓,鲁玮看到后带兵阻拦,梁大人宣读圣旨他才罢手。
蒋昭被关押,他在牢房中不时大骂,周新多亏了岳父的帮忙,张万提醒士兵惩治一下牢房中的蒋昭,蒋昭在牢房中被痛打一顿,之后被捆绑起来。素云逃走途中被思琪所救,入夜后投宿农家,黑衣人一路跟踪。素云在屋里向思琪说明冤屈,她愿意相信她。鲁玮手下副将洪天寿带人去探视蒋昭,在牢房门口受阻。
洪天寿送来的饭菜被检查,他身上也被搜过,并无发现异常情况。素云对思琪讲起她走出旅店之后发生的事情,马车跑了很久,她被带到一个宅院,对方也是奉命行事,素云跪地求饶,杀手用她的衣服找了替身,周新等人看到尸体就是杀手扔入坑中的,素云之后被杀手蒙上眼睛带走,等揭下眼罩后看到坑中女尸。
素云怀疑杀手和倭寇有关,杀手没有说的太清楚,他想知道裘家宝物,素云知道家中财宝都藏在家中地窖,她提到小时候父亲小时候曾带自己去过石洞,那是她编出来的权宜之计。素云不想回墨水镇,她劝思琪先回去,思琪也担心她的安危。蒋昭在牢房中大口吃起来,洪天寿安慰他,蒋昭对周新十分痛恨。洪天寿走后蒋昭口吐白沫,李顺和张万急忙进入牢房查看。
思琪离开,她让素云就在那里等着。周新带人来到牢房,蒋昭已死,周新对尸体和饭菜进行检验,确认是中素而死,问过张万才知道是洪天寿来过,周新训斥众人看管不力,梁大人认为可能是鲁玮杀人灭口。鲁玮带兵来到牢房闹事,他声称要见蒋昭,周新让鲁玮独自进入,但鲁玮坚持带刀入内,看到蒋昭死后十分恼怒,还假装哭泣。
鲁玮指责周新,周新说明洪天寿之事,鲁玮拨剑对住周新,梁大人从中调解,鲁玮提出让周新在两天内查出真凶,梁大人看出他早有预谋,梁大人把鲁玮的身世告诉周新,鲁玮年轻时曾在朱允文手下当差,他来墨水镇想得到传国玉玺,那也是皇上朝思暮想的,传国玉玺在明朝建国时消失,明朝历经三个朝代都没传国玉玺,皇上得知传国玉玺在瓦剌人手上,裘家是明朝首屈一指的富商,他们长期和瓦剌人做皮毛生意,皇上最担心的是传国玉玺会落入朱允文手上。
梁大人猜想鲁玮可能拿到传国玉玺,他提议去鲁玮军营搜查。思琪回去后被周新指责,她感觉他是在担心自己,思琪带人去找素云时她不在屋中,屋子的主人被杀,两位老人的死让思琪很内疚。梁大人和周新商量案情,梁大人怀疑思琪,周新担保思琪,梁大人怀疑思琪是有更深的理由,思琪和父亲和鲁玮是世交,他们都是朱允文的旧部,梁大人还担心思琪要报杀父之仇,他知道思琪曾和鲁玮提前见面。
周新找思琪谈话,思琪面对质疑有些意外,周新想知道她的秘密,思琪承认她来墨水镇之前见过鲁玮,她相信是鲁玮的意图,思琪当时没见到鲁玮。在余人杰的努力下傅玉堂被平反,周新希望小扣子能回傅府,小扣子想一直追随周新。思琪听了周新的一番话之后离开了,小扣子不明白她为何一早出门。思琪的离开让梁大人判断她是匆忙逃走,周新不相信。
李顺和张万出城寻找思琪,两人一路沿线索追赶,回去后向周新汇报,梁大人怀疑鲁玮派人绑架思琪。周新来到鲁玮军营要人,还在门口大骂。梁大人带上方宝剑强行进入兵营,已发现思琪,鲁玮被控制起来。梁大人让周新先把思琪弄走,鲁玮军营被搜查,宫廷中成箱的贵重物品被发现,箱子里的一个空盒子让他们意识到那是放传国玉玺的,梁大人提出赶快离开。鲁玮兵马赶来,周新出门后看到洪天寿。
洪天寿带兵围攻,梁大人让周新赶快写下判词,他担心兵士冲入,周新不相信鲁玮有判国之心,梁大人一再说明利害关系,周新只好提笔写下,写好后梁大人按上印章,周新当众宣布判词,梁大人手持上方宝剑,众人停止打斗,洪天寿完听后带兵回去。梁大人想连夜押解鲁玮回京,周新想审问时被拒绝。思琪醒后要找鲁玮,周新告诉她说鲁玮已经押解京城途中。
墨水镇的案情有太多的疑点,思琪认为没那么简单,这个案例好像破的太过简单,她担心幕后黑手要借周新之手铲除鲁玮,思琪否认被绑架,她那天在上王庄被黑衣人打晕后带走,她在马车上听到黑衣人的对话,周新感觉他可能错了,找到素云也许有一丝希望,周新让小扣子安排第二天传唤阿鱼。
小扣子一早去叫阿鱼,阿鱼在途中让他去买包子,等小扣子买包子回来时阿鱼悄悄离开。小扣子回去后被周新指责,思琪劝说,小扣子承认错误。周新感觉都是对手设计好的,他要追赶梁御史并承认错误,思琪要找的是寻找素云。纪纲在途中接应梁大人,鲁玮被嘲笑,纪纲接过鲁玮的囚车。周新深夜赶回,见到梁大人后说明原因,鲁玮被下诏狱,那盒子明显是刚做的,阿鱼的失踪也是怀疑之处。
梁大人知道皇上早就对鲁玮不满,他把详情告诉周新,周新感觉傅玉堂案和鲁玮案的幕后黑手是同一人,梁大人坚持就此结案,周新和他理论时周夫人入门劝说,周新一气之下去找纪纲,梁大人自愧不如,只是感慨周新生不逢时。思琪打听到素云去了裘宅,她急忙赶回,裘贵的尸体仍停留在堂中,素云的惊叫声引来思琪的相助,张万和李顺去追赶歹人,素云确认追杀的人是刀疤脸。
素云想在死前看一下家人,没想到对方还是不放过她。思琪对素云说阿鱼还活着,素云祭拜家人时发现阿鱼已死,思琪这才知道有人在冒充阿鱼,她相信幕后黑手不会善罢甘休,素云愿意帮忙,思琪打算先找回假阿鱼。纪纲拒见周新,鲁玮在牢房中大骂,纪纲叫人送去酒菜。周新在诏狱门口等候,纪纲故意不见,周新让小扣子赶着马车走走。张万和李顺在街上看到阿鱼,两人上前将他抓住,假阿鱼跪地说出实情,他真名叫阿许。